Nucleus (Oct 2009)
index
/Users/mad/Documents/Developpement/repository/NMRnotebook/NPK/trunk/python/NPK/Nucleus.py

    This file contains the definitions of all the NMR-active spins
    
    every thing is held into a big table:
 
 table[isotope-name]= spin,  naturalAbondance, magneticMoment, magnetogyricRatio, freq-at-100MHz,  quadrupoleMoment
 
 spin               in number of 1/2 (i.e spin == 1 means Spin is 1/2)
 naturalAbondance   in %
 magnetogyricRatio  in 10^7 rad/Tesla
 freq-at-100MHz     in MHz
 quadrupoleMoment   in fm2
 
 
Values (tentatively) from
ROBIN K. HARRIS, EDWIN D. BECKER, SONIA M. CABRAL DE MENEZES, ROBIN GOODFELLOW, AND PIERRE GRANGER
"NMR NOMENCLATURE.NUCLEAR SPIN PROPERTIES AND CONVENTIONS FOR CHEMICAL SHIFTS (IUPAC Recommendations 2001)"
Pure Appl.Chem., Vol.73, No.11, pp.1795-1818, 2001.

 
Functions
       
freq(spin='1H', H_freq=100.0, mode='standard')
returns the frequency of the given spin, in a field were the proton 1H is at frequencey H_freq values 
if mode is "standard" or "IUPAC", (default) the standard values are used
if mode is "biomolecule" or "IUPAB" values are taken from previous paper
    Markley et al. Recommendations for the presentation of NMR structures of proteins and nucleic acids. Journal of Molecular Biology (1998) vol. 280 (5) pp. 933-952
    This previous recommendation was only mentionning 2D 13C, 15N and 31P, but was using  different references
    They are given in table 4 of 2001 paper
 
Usage is to use 1998 recommendation (mode = "biomolecule") for proteins and nucleic acids.
    this makes +2.6645 ppm shift in 13C.
    this makes a +380.4434 ppm shift in 15N.
freqB(spin='1H', Bo=14.092000000000001)
returns the frequency in MHz of the given spin, in a field of intensity Bo Tesla
receptivity(spinans, spinref='1H')
returns the receptivity of a given spin, relative to spinref
report(H_freq=600.0)
report the spin table at a given field

 
Data
        __author__ = 'Marc A. Delsuc <delsuc@igbmc.fr>'
__date__ = 'Oct 2009'
table = {'101Ru': (5, 17.059999999999999, -0.85050000000000003, -1.377, 5.1613689999999997, 45.700000000000003), '103Rh': (1, 100, -0.15310000000000001, -0.8468, 3.1864469999999998, 0.0), '105Pd': (5, 22.329999999999998, -0.76000000000000001, -1.23, 4.5761000000000003, 66.0), '107Ag': (1, 51.838999999999999, -0.19689893, -1.0889181000000001, 4.0478189999999996, 0.0), '109Ag': (1, 48.161000000000001, -0.22636279000000001, -1.2518634, 4.6535330000000004, 0.0), '10B': (6, 19.899999999999999, 2.0792055, 2.8746786000000002, 10.743658, 8.4589999999999996), '111Cd': (1, 12.800000000000001, -1.0303728999999999, -5.6983131, 21.215479999999999, 0.0), '113Cd': (1, 12.220000000000001, -1.0778567999999999, -5.9609154999999996, 22.193175, 0.0), '113In': (9, 4.29, 6.1124000000000001, 5.8845000000000001, 21.865755, 79.900000000000006), '115In': (9, 95.709999999999994, 6.1256000000000004, 5.8971999999999998, 21.912628999999999, 81.0), ...}
table4 = {'13C': (1, 1.0700000000000001, 1.2166129999999999, 6.7282840000000004, 25.144953000000001, 0.0), '15N': (1, 0.36799999999999999, -0.49049746, -2.7126180400000002, 10.132911999999999, 0.0), '2H': (2, 0.0115, 1.2126007700000001, 4.1066279100000003, 15.350607999999999, 0.28599999999999998), '31P': (1, 100, 1.9599899999999999, 10.839399999999999, 40.480863999999997, 0.0)}

 
Author
        Marc A. Delsuc <delsuc@igbmc.fr>