Les Graphes : riche en :

Programmes "Riche en :"

1. Séquences protéiques

2. Séquences nucléiques

Le score pour la position courante (i) est calculé de la manière suivante :

1. Somme de toutes les valeurs d'échelle pour chaque position allant de (i - entier(fenetre/2)) à (i + entier(fenetre/2)), divisée par la largeur de la fenêtre (fenetre)

2. Valeur d'échelle : si à la position (j) la lettre de la séquence appartient à l'ensemble défini la valeur est 1 sinon elle est nulle.

C'est un pourcentage de lettres appartenant à un ensemble prédéfini, pour une région d'une séquence d'une longueur définie par la largeur de la fenêtre

Remarques :

• lorsque la longueur de la séquence dépasse la largeur du graphe (400 pixels) une compression est effectuée et toutes les valeurs de score ne sont pas reportées pour chaque position. En attendant un prochain "plot" la plus grande valeur du score est gardée en mémoire et lors du plot c'est celle-ci qui est utilisée (évidemment cette plus grande valeur est remise à zéro après le plot)

• n'oubliez jamais que le graphe est d'une largeur de 400 pixels qui correspondent à la longueur de la séquence, et donc une "compression" grande (correspondant à une longueur grande de séquence) peut masquer des variations locales.

• de plus, si votre séquence a par exemple une longueur de 4000, la compression sera de 10 (donc un plot toutes les dix positions) et prendre une largueur de fenêtre de trois, par exemple, rendra plus difficile l'interprétation du graphique que prendre une largeur d'au moins 15.

• écrire lettres minuscules ou majuscules, espaces dans l'ensemble défini n'a aucune importance
  écrire AAL est équivalent à AL (doublement des lettres)

• la séquence est traitée ainsi (et votre ensemble le cas échéant) :
  • vide -> message
  • suppression de tout caractère non alphabétique (numérotation, espaces enlevés)
  • vide -> message
  • minuscule convertie en majuscule
  • vérification : lettre -> code pour un aminoacide ou un nucléotide

Comment récupérer le graphe
Si vous n'y arrivez pas à l'aide du menu contextuel : lorsque le pointeur de la souris est dans le graphe, il change de forme et vous indique un lien vers le fichier de type "JPEG". Cliquez et cela entrainera l'ouverture d'une nouvelle page avec uniquement l'image que vous pouvez sauvegarder à l'aide de l'item "Save as" du menu "File". Le fichier est de type "jpg" et vous avez sûrement un logiciel pour le traiter ou le transformer dans un autre type.

Page des programmes locaux

Version "Perl" ß-test

ABIM : © Ixe et Ygrec : ces deux programmes utilisent le programme "fly" qui crée des images de type GIF à la volée

Thanks to Martin Gleeson and credit to the University of Melbourne and the Quest Protein Database Center (Cold Spring Harbor Labs)